Die Ursprünge der Kriegskünste liegen in der japanischen Frühgeschichte verborgen. Die ersten japanischen Schwerter stammen aus der Yayoi-Zeit um 200 v.Chr. Sie hatten noch gerade Klingen und waren wahrscheinlich chinesischen Waffen nachempfunden. Die ersten typisch japanischen Schwerter mit gebogener Klinge wurden erst in der Hakuho-Zeit um 700 n.Chr. hergestellt.

Techniken zum richtigen Führen des Schwertes gab es bereits in der Nara-Zeit (710-784)

In der Kamakura-Zeit (1185-1333) hatten die Schwerter und die Künste der Schwertführung aufgrund der politischen Situation im bürgerkriegsgeschüttelten, feudalen Japan ihre Blütezeit. Es entstanden viele verschiedene Schulen, die eigene Kriegskunstsysteme entwickelten.

Zu den ältesten bekannten Kriegskunststilrichtungen gehören Nen Ryu 1368 und Katori Shinto Ryu 1450. Die darin enthaltenen Schwertkampfsysteme, die vornehmlich dazu dienten, Krieger auf die verschiedenen Situationen in den lang andauernden kriegerischen Auseinandersetzungen vorzubereiten, bildeten die Grundlage, auf der verschiedene Iaidostile entstehen konnten.

Grundlegendes Ziel dieser Iaidosysteme war es zum einen, ermüdende Auseinandersetzungen durch einen unmittelbaren Angriff zu vermeiden, andererseits plötzlichen Attacken effektiv begegnen zu können.

Von derartigen Gedanken getrieben versenkte sich Hayashizaki Jinsuke Minamoto no Shigenobu (1546-1621) i m Alter von 25 Jahren der Legende nach 100 Tage in Meditation und er gelangte zu einer "göttlichen" Eingebung. Aus der "Erleuchtung" und seinen Erfahrungen aus mehreren Schwertkampfsystemen, in denen er es zu einigem Ansehen gebracht hatte, entwickelte er 1560 das Schwertkampfsystem Shinmei-muso-Ryu ("Göttlich inspirierter, beispielloser oder einmaliger Stil").

Dieser Stil wurde dann von Generation zu Generation weitergegeben und erhielt im Laufe der Zeit verschiedene neue Namen. Den heutigen Namen Muso Jikiden Eishin Ryu erhielt die Stilrichtung durch den Soke (Großmeister der Generation) der siebenten Generation Hasegawa Mondonosuke Eishin in der Edo-Periode. Dieser hatte dem überlieferten Stil neue Techniken hinzugefügt und andere den modernen Ansprüchen entsprechend geändert.

Diese werden bis heute nahezu unverändert in Dojos überall in Japan und in vielen Dojos weltweit gelehrt.